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RAD-seq

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RAD-seq

详细介绍

简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS),即对部分基因组进行序列测定。它是指利用限制性内切酶对基因组DNA进行酶切,并对酶切片段进行高通量测序的技术。

简化基因组技术由于只对酶切片段进行测序,可极大的降低基因组的复杂度,并且不受参考基因组的限制,无参考基因组的物种也可以使用该技术进行分子标记鉴定与开发,因此该技术广泛应用于分子标记开发、遗传图谱构建、基因/QTL定位和全基因组关联分析及群体遗传分析与分子育种领域。

 

技术原理

RAD(Restriction-site-associated DNA sequencing)即与限制性核酸内切酶识别位点相关的DNA序列。RAD-seq技术于2008年由Baird提出。传统RAD方法是对基因组DNA进行单酶切,加接头后对酶切片段超声波随机打断后建库测序。

RAD又可分为dd-RAD、2b-RAD,SLAF-RAD等。

dd-RAD(double digest-RAD),即双酶切RAD,采用识别稀有酶切位点+常用酶切位点的内切酶组合消化基因组,建库过程没有打断片段的步骤。

2b-RAD则是利用一种IIB型内切酶消化基因组,可产生片段大小完全一致的片段。

SLAF-RAD实验流程与dd-RAD相似,但建库采用了非特异性接头。

 

技术流程

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分析流程

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样品要求

1、 动物组织:选取肌肉组织>50 mg

2、 植物组织:幼嫩叶片,>500 mg

3、 DNA:≥3ug,浓度>100 ng/μl

 

案例分享

通过分析NGS与位点相关的DNA测序(ddRADseq),建立高密度的单核苷酸多态性(SNP)的遗传图谱,对现有花生的分子标记资源和参考基因组序列的组装做出了贡献。

RAD-seq3.png 

 简化基因组测序

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